Dzimis Čehijā, skolas direktora ģimenē. No 1934. gada darbojās Kurta ŠušnigaAustrijas valdībā. 1938. gada februārī Vācijas draudu rezultātā Šušnigs iecēla Zeisu-Inkvartu par Austrijas iekšlietu ministru. Divas dienas pirms Austrijasanšlusa no 1938. gada 11. marta līdz 13. martam Zeiss-Inkvarts pildīja Austrijas kanclera pienākumus un parakstīja likumu par Austrijas iekļaušanu Vācijā.