Istras pagasts dibināts 1863. gadā, apvienojot Istras, Annapoles, Konecpoles un Soboļinas muižu pagastus.
1920. gada zemes reformas gaitā Istras muižas un Pļaviņu folvarka zemes sadalīja 47 vienībās 682 ha kopplatībā, Annopoli sadalīja 166 vienībās 1786 ha kopplatībā, Ļauderu muižu sadalīja 107 vienībās 501 ha kopplatībā, Koncepoli sadalīja 124 vienībās 1105 ha kopplatībā.[4]
1935. gadā Ludzas apriņķa Istras pagasta platība bija 210,5 km² un tajā dzīvoja 8044 iedzīvotāji.[5] 1945. gadā pagastā izveidoja Annapoles, Cukuru, Istras, Koņecpoles, Lauderu, Plepļu un Soboļinasciema padomes, bet pagastu 1949. gadā likvidēja. Istras ciems ietilpis Zilupes (1949-1959) un Ludzas (1959-2009) rajonos. 1954. gadā Istras ciemam pievienoja likvidētos Soboļinas un Annapoles ciemus, 1960. gadā - likvidēto Koņecpoles ciemu, 1975. gadā - daļu likvidētā Šuškovas ciema.[6] 1990. gadā ciemu reorganizēja par pagastu. 2009. gadā Istras pagastu kā administratīvo teritoriju iekļāva Ludzas novadā.