Mūsdienu Bērzes pagasta teritorijā vēsturiski atradās Bērzu jeb Bērzes muiža (Bershof, Bērze), Kreijas muiža (Kraienhof), Krišjāņa muiža (Christianshof), Lielvirkus muiža (Groß-Heiden, Virkus), Miltiņu muiža (Dorotheenhof, Miltiņi), Plepju muiža (Pleppenhof), Udzes muiža (Udsen).
1945. gadā Jelgavas apriņķaŠķibes pagastā tika izveidota Austrumu ciema padome. 1954. gadā Dobeles rajonaAustrumu ciemam pievienoja likvidētā Šķibes ciema Mičurina kolhoza teritoriju. 1963. gadā Austrumu ciema kolhoza «Nākotne» 5. brigādes teritoriju pievienoja Līvbērzes ciemam. 1965. gadā Austrumu ciemam pievienota Deģu ciemapadomju saimniecības «Šķibe» teritorija, 1968. gadā - Auru ciema padomju saimniecības «Krimūnas» un Bites ciema padomju saimniecības «Krimūnas» teritoriju. 1971. gadā padomju saimniecības «Krimūnas» teritorija pievienoja Krimūnu ciemam. 1977. gadā pievienota daļa Bērzes un Dobeles ciemu teritorijas, bet daļa Austrumu ciema teritorijas pievienota Glūdas ciemam. 1979. gadā pievienota daļa Dobeles ciema teritorijas bet daļa Austrumu ciema pievienota Krimūnu ciemam.[4] 1990. gadā ciemu reorganizēja par pagastu un pārdēvēja par Bērzes pagastu, bet lielākā daļa pirmskara Bērzes pagasta tagad ietilpst Jaunbērzes pagastā.[5] 2009. gadā Bērzes pagastu kā administratīvo teritoriju iekļāva Dobeles novadā.