Naudītes pagastā vēsturiski atradās Āķu muiža (Ahken), Jaunsesavas muiža (Neu-Sessau), Lielapguldes jeb Zaķu muiža (Groß-Abgulden, Lielapgulde), Naudītes muiža (Nauditen), Pētervaldes muiža (Peterwalde), Vecapguldes jeb Ānbomes muiža (Alt-Abgulden, Apgulde).
1935. gadā Jelgavas apriņķa Naudītes pagasta platība bija 120,4 km² un tajā dzīvoja 1550 iedzīvotāju.[5] 1945. gadā pagastā izveidoja Naudītes un Upesciema padomes, bet pagastu 1949. gadā likvidēja. 1954. gadā Dobeles rajonaNaudītes ciemam pievienoja likvidētos Slagunes un Upes ciemus. 1958. gadā kolhoza «Vārpa» teritoriju pievienoja Annenieku ciemam, bet 1975. gadā daļu teritorijas pievienoja Lielauces ciemam.[6] 1990. gadā ciemu reorganizēja par pagastu. 2009. gadā Naudītes pagastu kā administratīvo teritoriju iekļāva Dobeles novadā.