Harku muiža (vācu: Gut Hark) zināma no 1372. gada. Kalpoja kā Tallinas vicekomtura rezidence. 1679. gadā to nopirka Ikskilu dzimta un 18. gadsimta sākumā iesāka būvēt baroka stila pili. Ziemeļu kara laikā 1710. gadā šeit tika parakstīts Igaunijas bruņniecības kapitulācijas līgums starp Krieviju un Zviedriju, kas lika pamatus Baltijas provinču īpašajam stāvoklim Krievijas impērijā turpmāko 200 gadu laikā. 1755. gadā muižu nopirka Budbergi un pārbūvēja to klasicisma stilā. 1875. gadā tā kļuva Ungernu-Šternbergu īpašums. Līdz Igaunijas agrārajai reformai muiža vēl vairākkārt mainīja īpašniekus. Starp pasaules kariem šeit tika ierīkota nepilngadīgo likumpārkāpēju kolinija, bet pēc no 1957. gada šeit atradās Igaunijas Eksperimentālās bioloģijas institūts. Ap muižas kungu māju ierīkots muižas parks.