Elkšņu pagasta luterticīgie iedzīvotāji piederēja pie Saukas-Elkšņu draudzes (vācu: Sauken-Ellernsche Gemeinde) un te atradās Elkšņu Evaņģēliski luteriskā baznīca, Elkšņu meža muiža, Aizdumbles (Aisdumble) pusmuiža un Mūrmuiža (Gemauerthof). Pēc 1900. gada sākās draudzes bezzemnieku izceļošana uz pilsētām un viņu mājās apmetās lietuvieši no Kauņas guberņas, no kuriem daudzi jaukto laulību ceļā pārgāja luterticībā.
Pēc 1920. gada agrārās reformas Elkšņu meža muižu (1638 ha) sadalīja 110 vienībās, tās pārvaldes centrs Elkšņos kļuva par pagasta centru. Aizdumbles pusmuižu 503 ha kopplatībā sadalīja 20 vienībās (jaunsaimniecībās).[4]
1935. gadā Elkšņu pagasta platība bija 118,2 km² un tajā dzīvoja 1511 iedzīvotājs. 1945. gadā tajā izveidoja Elkšņu un Nomavasciema padomes, bet pagastu 1949. gadā likvidēja.[5]Elkšņu ciems ietilpis Jēkabpils apriņķī (1945-1949), Aknīstes (1949-1956), Ilūkstes (1956-1962), Daugavpils (1962-1963) un Jēkabpils (pēc 1963) rajonos. Elkšņu ciemam 1954. gadā pievienoja likvidēto Nomavas ciemu, 1956. gadā Vorošilova kolhoza teritoriju pievienoja Kalna ciemam, 1966. gadā pievienoja Saukas ciema kolhoza «Elkšņi» teritoriju, 1975. gadā pievienoja daļu no likvidētā Saukas ciema un daļu Rites ciema teritorijas.[6] 1990. gadā ciemu reorganizēja par pagastu. 2009. gadā Elkšņu pagastu kā administratīvo teritoriju iekļāva Viesītes novadā. 2021. gadā Viesītes novadu iekļāva Jēkabpils novadā.