Mūsdienu Dignājas pagasta teritorijā vēsturiski atradās Dignājas muiža (Gut Dubena, Dignāja), Menkes muiža (Gut Menkenhof).
1935. gadā Jēkabpils apriņķa Dignājas pagasta platība bija 215,6 km² un tajā dzīvoja 2956 iedzīvotāji.[4] 1945. gadā pagastā izveidoja Bērzones, Dignājas, Drēģu un Eglonesciema padomes, bet pagastu 1949. gadā likvidēja. Dignājas ciems ietilpis Aknīstes (1949-1954) un Jēkabpils (pēc 1954. gada) rajonos. Dignājas ciemam 1954. gadā pievienoja Drēģu ciema K. Barona kolhoza teritoriju, 1956. gadā — Dunavas ciema Sudrabkalna kolhoza teritoriju, bet 1968. gadā — padomju saimniecības «Dunava» teritoriju pievienoja Dunavas ciemam.[5] 1990. gadā ciemu reorganizēja par pagastu. 2009. gadā Dignājas pagastu kā administratīvo teritoriju iekļāva Jēkabpils novadā.