Vēsturiski tagadējā Alojas pagasta teritorija veidojusies no Ungurpils pagasta, kam pievienotas Stakenbergu un daļa Puikules pagastu zemes. 1925. gadā Ungurpils pagastu pārdēvēja par Alojas pagastu. 1935. gadā tā platība bija 164,2 km² un tajā dzīvoja 2976 iedzīvotāji.[4] 1945. gadā pagastā izveidoja Alojas, Ezeru un Īģesciema padomes, bet pagastu 1949. gadā likvidēja. 1950. gadā Alojai piešķirts strādnieku ciemata (no 1961. gada - pilsētciemata) statuss. 1954. gadā Alojas ciems pievienots Ezeru ciemam. 1957. gadā Ezeru ciems pievienots Alojai, izveidojot Alojas lauku teritoriju. Aloja ar lauku teritoriju ietilpusi Alojas (1951-1956), Limbažu (1956-1962, 1967-2009) un Valmieras (1962-1967) rajonos. 1958. gadā Alojas lauku teritorijai pievienota Vīķu ciema kolhoza «Centība» teritorija. 1977. gadā pievienota daļa Braslavas un Brīvzemnieku ciemu teritorijas, bet daļa Alojas lauku teritorijas pievienota Staiceles lauku teritorijai. 1992. gadā Alojai piešķirtas pilsētas tiesības. 2009. gadā Alojas pilsēta ar lauku teritoriju iekļauta Alojas novadā. 2010. gadā Alojas lauku teritorija pārdēvēta par Alojas pagastu. 2021. gadā pagastu iekļāva Limbažu novadā.