Skaņkalnē pretī Mazsalacai atrodas Skaņkalnes pilskalns, kurā arheologi konstatējuši vēlā neolīta apdzīvotību, kas sākusies apmēram pirms 5000 gadiem.[4][5] Plašā pilskalna arheoloģisko izpēti uzsāka 2020. gados un tā vēl ir ļoti nepilnīga.[4] Agrāk šo pilskalnu attiecināja tikai uz ievērojami vēlāku laiku - 10.-12. gadsimtu.[4][5] Pilskalna kraujā pie Salacas atrodas Upurala, kas, iespējams, lietota reliģiskos nolūkos.[4] Izpētei traucē pilskalnā uzbūvētā estrāde un tās pievedceļš, kultūrslāņa augšdaļa ir ievērojami postīta arī saimnieciskos darbos kopš 19. gadsimta.[6]
19. gadsimtā tagadējā Skaņkalnes pagasta teritorijā bija Skulberģu un Jaunates pagasti. 20. gadsimta sākumā Jaunates pagastu pievienoja Skulberģu pagastam.[7] 1925. gadā Skulberģu pagastu pārdēvēja par Skaņkalnes pagastu. 1935. gadā tā platība bija 128,3 km². 1945. gadā pagastā izveidoja Jaunciema un Skaņkalnes ciema padomes, bet pagastu 1949. gadā likvidēja. 1954. gadā Skaņkalnes ciemam pievienoja likvidēto Jaunciema ciemu. 1990. gadā ciemu reorganizēja par pagastu.[8] 2009. gadā pagastu kā administratīvo teritoriju iekļāva Mazsalacas novadā.