No 1868. gada pastāvēja Valkas apriņķaKalnamuižas pagasts, izveidots uz Kalnamuižas zemes.[4]
Pagasta iedzīvotāji piederēja Zeltiņu evaņģēliski luteriskajai draudzei.
Pēc 1920. gada agrārās reformas Kalnamuižu 2330,95 ha platībā sadalīja 132 vienībās. [5]
Līdz 1925. gadam tas saucās Kalnciema pagasts. 1935. gadā Kalncempju pagasta platība bija 86,7 km² un tajā dzīvoja 1953 iedzīvotāji.[6]
1945. gadā pagastā izveidoja Kalncempju un Kalnienasciema padomes, bet pagastu 1949. gadā likvidēja. Kalncempju ciems ietilpis Alūksnes apriņķī (1946-1949) un Apes (1949-1956), Alūksnes (1956-1962; pēc 1967. gada) un Gulbenes (1962-1967) rajonos.[7] 1990. gadā ciemu reorganizēja par pagastu. 2009. gadā Kalncempju pagastu kā administratīvo teritoriju iekļāva Alūksnes novadā.