Džūba dibināta 1920.–1921. gadā, kad bari tautas apdzīvotajā Džūbas ciematā izveidojās anglikāņu misionāru grupas CMS kopiena.[2] Īpaši strauji tās iedzīvotāju skaits sāka pieaugt 2005. gadā, kad tika parakstīta Naivašas vienošanās, kas izbeidza Otro Sudānas pilsoņu karu un izveidoja autonomu Dienvidsudānas valdību Sudānas sastāvā. Pēc valsts neatkarības iegūšanas 2011. gadā arvien biežāk dažādas grupas pieprasīja galvaspilsētu pārcelt uz Ramselu (Ramciel). Valdība tam ir piekritusi, taču tas vēl nav izdarīts.