Izveidots kā Bornes pagastsKurzemes guberņasIlūkstes apriņķaAizlauces draudzes novadā apvienojot vairākus muižu pagastus.
Pēc 1920. gada zemes reformas Bornes pagasta Kaplavas muiža (Born) tika sadalīta 69 vienībās 245 ha kopplatībā, Matulišķu muiža (Matulischek, 970 ha) 53 vienībās, Dvorišķu muiža (213 ha) 6 vienībās, Vecbornes muiža (Alt-Born, 646 ha) 29 vienības (Bornes muižas pils piešķirta pagastam), Bornes mācītāja muiža (320 ha) 13 vienībās, Varnaviču muiža (Warnowiz, 884 ha) 75 vienībās, Lizetes muiža (Lisettenhof, 181 ha) 5 vienībās, Rožupoles muiža (Rosenfeld, 352 ha) 20 vienībās un Plātera Annas muiža (Annenhof jeb Platershof, 333 ha) 176 vienībās.[4] 1925. gadā Bornes pagasts pārdēvēts par Kaplavas pagastu.
1935. gadā Ilūkstes apriņķa Kaplavas pagasta platība bija 119 km² un tajā dzīvoja 2383 iedzīvotāji.[5] 1945. gadā pagastā izveidoja Kaplavas, Sarkanarmiešu un Varnavičuciema padomes, bet pagastu 1949. gadā likvidēja. Krāslavas rajonaKaplavas ciemam 1956. gadā pievienoja Salienas ciemakolhoza «Strana Sovetov» teritoriju, bet 1957. gadā šī kolhoza teritoriju pievienoja atpakaļ Salienas ciemam. 1979. gadā Kaplavas ciemam pievienoja likvidētā Sarkanarmiešu ciema teritoriju.[6][7] 1990. gadā ciemu reorganizēja par pagastu.[8] 2009. gadā Kaplavas pagastu kā administratīvo teritoriju iekļāva Krāslavas novadā.
1873. gadā tagadējā Kaplavas pagastā dzimis latviešu ērģelnieks, diriģents un mūzikas pedagogs Pēteris Pauls Jozuus.
1912. gadā Varnaviču (Varnovicas) muižā dzīvoja izcilais pedagogs un sabiedriskais darbinieks Atis Ķeniņš.
20. gadsimta pirmajā pusē Kaplavas pagastā dzīvojis un divus romānus uzrakstījis arī rakstnieks Jānis Jaunsudrabiņš.[18] Romānā "Augšzemnieki" Jaunsudrabiņš aprakstījis saimnieciskās dzīves uzplaukumu Augšzemē, tostarp Kaplavā.
1890. gadā tagadējā Kaplavas pagastā dzimis 1. Latvijas Neatkarības rotas virsnieks, kapteinis un vēlākais Latvijas armijas pulkvedis-leitnants, kā arī nacionālās pretestības kustības dalībnieks, Lāčplēša Kara ordeņa kavalieris Eduards Graudiņš.[20]