1928. gadā kļuva par Cīrihes Tehniskās universitātes profesoru. 1931. gadā, personiskās krīzes laikā, Pauli ietekmējās no tajā laikā Cīrihē dzīvojošā Karla Junga, tomēr vēlāk kritizēja tā mācību.
Sākoties 2.pasaules karam, Pauli pārcēlās uz ASV, naturalizējās ASV pilsonībā, tomēr 1946. gadā atgriezās Cīrihē, kur nodzīvoja līdz mūža beigām. 1949. gadā ieguva Šveices pilsonību.