Pēc Latvijas okupācijas viņu 1941. gada 3. februārī apcietināja NKVD un pratināja līdz 1941. gada jūnijam.
Pēc Vācijas uzbrukuma PSRS A. Bergu deportēja uz PSRS, pratināšanu turpināja Čkalovas cietumā līdz 1941. gada 4. septembrim. 29. septembrī Čkalovas apgabaltiesas kolēģija viņu notiesāja pēc Krievijas PFSR Kriminālkodeksa 56-4., 10., 13. panta, cita starpā apsūdzēts palīdzības sniegšanā starptautiskajai buržuāzijai, aģitācijā un dienestā cara slepenpolicijā, piespriežot nāvessodu nošaujot. 7. oktobrī A. Bergs iesniedza kasācijas sūdzību Krievijas PFSR Augstākajai tiesai, atgādinot 1920. gada 11. augusta Latvijas-Krievijas miera līguma pantus, uz kuru pamata: …iekšlietu ministra kvalitātē man bija jāvadās no Latvijas – un tikai Latvijas – likumiem un rīkojumiem, jāpilda šīs varas rīkojumi. Tādēļ man bija ne tikai tiesības, bet kā ministram man pat bija pienākums vest cīņu ar komunistisko partiju un aizstāvēt sociālo iekārtu Latvijā. Es esmu atbildīgs tikai Latvijas likumu priekšā. Mana saukšana pie atbildības KPFSR instancēs ir minētā miera līguma pārkāpums.[2]
Nāves spriedumu izpildīja 1941. gada 19. decembrī.[3]
↑Uzraudzības lietā rakstīts: Spriedums attiecībā pret notiesāto Bergs Arvedu Kristapa d. izpildīts 19. XII 1941. gadā. Pilsēta Čkalova, 22.XII, 1941.g . 1.specdaļas priekšnieks, Valsts drošības leitnants Glotovs.