Dzimis 1865. gada 11. septembrī Ilūkstes apriņķaDunavas pagasta „Varslavānos” latviešu zemnieka Krišjāņa Pliekšāna (ap 1828—1891) un viņa sievas Dārtas (dzimušas Grikovskas, ap 1828—1899) ģimenē. Kristīts Kaldabruņas luterāņu baznīcā.[4]
Jānim bija divas māsas: Līze (1854—1897) un Dora (pēc laulībām Pliekšāne-Stučka 1870—1950).[5] Viņa tēvs nomāja un apsaimniekoja pusmuižas, tādēļ ģimene bieži mainīja dzīvesvietu, un Jāņa bērnība un pusaudža gadi pagāja Tadenavas (1865—1869), Randenes (1869—1872) un Berķeneles (1872—1881) pusmuižās Sēlijā. Viņš mācījās mācītāja Oskara Svensona pansijā (1873–1874) pie Ēģiptes (agrākā Vilkumiesta), tad Grīvasproģimnāzijā[6] (tagad — Raiņa Daugavpils 6. vidusskola; 1875—1879) un Rīgas pilsētas ģimnāzijā (tagad — Rīgas 1. ģimnāzija), kuru absolvēja 1884. gadā un tajā pašā gadā uzsāka tieslietu studijas Pēterburgas Universitātes Juridiskajā fakultātē. Studiju laikā viņš sāka rakstīt laikrakstam „Dienas Lapa”. Vasaras pavadīja tēva mājās Vasiļovas (1881—1883) un Jasmuižas muižās (1883—1889) Latgalē.
No 1889. līdz 1891. gadam Pliekšāns strādāja par jurista palīgu Viļņā un Jelgavā. 1891.—1895. gadā viņš bija avīzes „Dienas Lapa” redaktors un aktīvs sabiedrisks darbinieks.
1896. gadā viņš īslaicīgi dzīvoja Jelgavā un Berlīnē, pēc tam strādāja par notāru Paņevežā, kur 1897. gada maijā viņu apcietināja sakarā ar apsūdzību par piederību slepenai pretvalstiskai organizācijai "Jaunā strāva". 1897. gada decembrī Rīgā salaulājās ar dzejnieci un dramaturģi Aspaziju (Elzu Valteri). Atrodoties Liepājas un Rīgas cietumā, Rainis turpināja darbu pie Johana Volfganga fon Gētes „Fausta” latviskošanas un ar Aspazijas palīdzību to pabeidza 1898. gadā.
Pēc tiesas sprieduma viņu uz pieciem gadiem izsūtīja uz Pleskavu un Slobodsku (1897—1903).
Izsūtījuma laikā Rainis turpināja nodarboties ar pasaules literatūras klasisko lieldarbu tulkošanu latviešu valodā un izdeva pirmo dzejoļu krājumu „Tālas noskaņas zilā vakarā” (1903). Pēc atgriešanās no trimdas Rainis dzīvoja Jelgavā, Jūrmalā un Rīgā, aktīvi piedalījās 1905. gada revolūcijā, šajā laikā viņš izdeva otro dzejas grāmatu „Vētras sēja” un sacerēja drāmu „Uguns un nakts”.
Baidoties no jaunām vajāšanām, 1905. gada 31. decembrī Rainis devās uz Šveici. Emigrācijas laikā Lugāno tapa viņa lugas „Zelta zirgs” (1909), „Indulis un Ārija” (1912), „Spēlēju, dancoju” (1915) un traģēdija „Jāzeps un viņa brāļi” (1906—1914).[7]1916. gadā poēmā „Daugava” Rainis kā viens no pirmajiem aicināja veidot neatkarīgu Latvijas valsti.
1920. gadā Rainis kopā ar Aspaziju atgriezās Latvijā un no jauna aktīvi iesaistījās politikā. Viņš bija Bulduru konferences dalībnieks no Latvijas, Latvijas Satversmes sapulces (1920) un pirmo trīs Saeimu (1922, 1925, 1926) deputāts no sociāldemokrātu saraksta. Rainis bija Dailes teātra līdzdibinātājs, Nacionālā teātra direktors (1921—1925), Izglītības ministrs (1927). Šajā laikā viņš sarakstīja vairākus dzejoļu krājumus, traģēdiju „Ilja Muromietis”, lugu prozā „Mīla stiprāka par nāvi” un drāmu „Rīgas ragana”.
No 1926. gada 15. septembra dzīvoja Baznīcas ielā 30 Rīgā.
Miris 1929. gada 12. septembrī savā vasarnīcā Majoros un apbedīts Rīgas jaunajos kapos, kas vēlāk nosaukti Raiņa vārdā.
Viens no redzamākajiem Jaunās strāvas pārstāvjiem, aktīvs LSDSP biedrs. Kā politiķis īpašus panākumus neguva. Pēc Fēliksa Cielēna domām, Rainis jau no Satversmes sapulces laikiem izcēlās ar nespēju motivēt savu viedokli, kā rezultātā vispārējās debates pārvērtās par savstarpējiem apvainojumiem un diskusijām.[8] Sāpīgi pārdzīvoja Jāņa Čakstes ievēlēšanu prezidenta amatā, jo uzskatīja šo posteni par sev paredzētu — pēc balsojuma demonstratīvi pameta Satversmes sapulces namu un nonāca konfliktā ar LSDSP vadību.[9] Konflikts ar LSDSP tika izbeigts tikai tad, kad 1926. gada decembrī Rainis tika lūgts kļūt par izglītības ministru.
Darbība izglītības ministra postenī
1927. gada 27. aprīlī tika parakstīti 81. panta kārtībā izdotie noteikumi, kuri nosacīja, ka pie Pieminekļu valdes pastāv Latviešu folkloras krātuve, kuras uzdevums ir veicināt latviešu dzīves pieminekļu — tautas dzejas un citu tradīciju — krāšanu un atvieglot to pētīšanu, vācot, kārtojot, uzglabājot un publicējot latviešu tautas dziesmas, pasakas, teikas, mīklas, sakāmvārdus, ticējumus, ierašu aprakstus utt. Šo kultūras iestādi pārzina un tās darbību vada trīs cilvēku liela speciālistu kolēģija. Tās locekļus iesaka Pieminekļu valde saziņā ar LU Filoloģijas un filozofijas fakultāti, bet ieceļ izglītības ministrs.
1928. gada 10. janvārī Ministru prezidents Skujenieks un ministrs Pliekšāns parakstīja Latvijas Republikas Satversmes 81. panta kārtībā izdotos noteikumus par Nacionālo operu. Noteikumi paredzēja, ka opera atrodas Izglītības ministrijas pārziņā. Tās direktoru ieceļ Ministru kabinets uz izglītības ministra priekšlikumu. Direktora palīgu — inspektoru ieceļ izglītības resora vadītājs.
